Organização
A Fundação José Luiz Setúbal segue as práticas de governança para fundações, recomendadas pelo IBGC (Instituto Brasileiro de Governança Corporativa). Sua estrutura conta com uma Diretoria Executiva, formada por um presidente e um diretor administrativo, além de um Conselho Superior e um Conselho Fiscal independentes.
Esses órgãos trabalham de forma integrada e estratégica para garantir a boa administração dos projetos e das iniciativas da Fundação, como o Sabará Hospital Infantil, o Instituto Pensi e o Instituto Futuro é Infância Saudável (Infinis).
A Diretoria Executiva garante o alinhamento da gestão das relações institucionais da FJLS e a coordenação de projetos especiais. O Conselho Superior, composto por até 11 membros, é formado por representantes da família do instituidor e membros externos, permitindo a renovação parcial a cada três anos. Dentro desse Conselho, é eleito um Presidente, com mandato de seis anos,
A escolha dos membros do Conselho Superior é realizada pelo instituidor ou, em sua ausência, por seus filhos. O Conselho Fiscal, com 5 membros, atua de maneira independente e apresenta suas análises ao Conselho Superior. Já o Sabará Hospital Infantil conta com um Conselho Deliberativo composto por 5 a 9 membros. Atualmente, está com 7 membros, sendo 3 do Conselho Superior e 4 independentes.